Sin embargo, en el interior de su familia, se trató siempre de un hombre afectuoso y hasta cursi que amaba a su esposa y a sus 12 hijos. Durante la Guerra de Reforma y durante el Segundo Imperio su esposa Margarita Maza abandonó el país junto a sus hijos, esto dejó destrozado el corazón de Juárez.
Antes la mortandad infantil era muy elevada, y los hijos de Juárez no fueron la excepción. Estando en el exilio en Estados Unidos, Margarita tuvo que sufrir hambre y también llorar la muerte del pequeño Antonio. A pesar de tan mala racha, siempre se dio tiempo de escribirle a su esposo y de leer las cartas que él le enviaba.
"Mi muy amada Margarita: (...) Sigue cuidando a los hijos que nos quedan y cuídate tú mucho. Procura distraerte y no fijes tu imaginación en las desgracias pasadas y que ya no tienen remedio. (...)
Abraza a Nela, a las muchachitas y a Beno y recibe el corazón de tu esposo que te ama y no te olvida. Benito Juárez" le escribiría en 1865.
